La Asociación Deportiva Municipal de Pérez Zeledón, se fundó en 1962 y su primer Presidente fue Manuel Madrigal.

   En la eliminatoria regional por la provincia de San José, para ganar el derecho a la final nacional, los generaleños tuvieron que enfrentar a las representaciones de Santa María de Dota, San Marcos de Tarrazú, Aserrí, San Ignacio de Acosta, Rohrmoser, Plaza González Víquez, Barrio Cuba y Puriscal.

   Para llegar a la Segunda División y luego de una década de intentos, Pérez Zeledón tuvo que enfrentar a Guanacaste y El Carmen de Alajuela.  Por cuestiones reglamentarias de la Federación Costarricense de Fútbol (FEDEFUTBOL), las tres escuadras fueron ascendidas.  En esa ocasión la institución tenía como presidente a Jorge Durán y como director técnico a Saningo Soto.  Corría el año de 1976.

   En esa categoría Pérez Zeledón, fue protagonista, lo que le permitió ganar el subcampeonato en tres oportunidades (1980, 1986, 1988).  Hubo un año difícil, el de 1981, en el que tuvo que jugar la liguilla por el no descenso, ante Santa Bárbara y Juan Gobán.  Se fueron los limonenses.

   Con Otto Ureña en la Presidencia y Didier 'Zorro' Castro como director técnico, Pérez Zeledón por fin ganó el título de campeón de la segunda división, al doblegar en el marcador global a El Carmen de Alajuela 4 goles a 3 con parciales de 1 a 3 en Alajuela y 3 a 0 en San Isidro de El General.

   En el primer partido de visita anotó Juan José Murillo y en casa en el segundo Alvaro Wilson, Rafael 'Wally' Solano y Víctor Nation.

    En 1988 la Asociación Deportiva Municipal Generaleña ganó el título de Campeón de la Segunda División, lo que le dio derecho a ascender a la Primera División.

   En 1991 la Asociación Deportiva Pérez Zeledón es Campeón de la Segunda División, lo que le da derecho a participar en la Primera División.

    Al estar dos equipos de Pérez Zeledón en la Primera División se llega a una acuerdo para que el 28 de setiembre de 1991 se de la fusión de los dos equipos ascendidos a primera división: Asociación Deportiva Municipal Generaleña y Asociación Deportiva Pérez Zeledón.  De ahí en adelante la Asociación Deportiva Municipal de Pérez Zeledón ha sido el equipo que representa al cantón en la Primera División.